Wednesday, December 9, 2015

User control of legend width in contMap & densityMap plots

I just pushed a small series of updates to phytools to allow the functions contMap and densityMap (and their associated) S3 plotting methods) to use different line widths for the tree & legend.

This makes a lot of sense - because in some cases (such as for large trees) we might want to use very slender lines for the edges of the tree - but the legend can still be thick so that the color translation to phenotype is clear.

Here's a very quick demo:

library(phytools)
## Loading required package: ape
## Loading required package: maps
## 
##  # ATTENTION: maps v3.0 has an updated 'world' map.        #
##  # Many country borders and names have changed since 1990. #
##  # Type '?world' or 'news(package="maps")'. See README_v3. #
packageVersion("phytools")
## [1] '0.5.9'
tree<-pbtree(n=200,scale=10)
x<-fastBM(tree)
obj<-contMap(tree,x,plot=FALSE)
## change the color map:
obj<-setMap(obj,invert=TRUE)
plot(obj,ftype="off",fsize=c(0,0.9),lwd=c(2,7),
    outline=FALSE,legend=4)

plot of chunk unnamed-chunk-1

That's it. This release of phytools can be installed directly from GitHub using the devtools package as follows:

library(devtools)
install_github("liamrevell/phytools")

1 comment:

  1. Dit is een van de beste berichten die ik al lang in Repliche Orologi heb gezien. bedankt voor het plaatsen ervan. Hoewel er verschillende gradaties van kopie luxe horloges zijn (sommige beter dan andere) is het het beste om de beoordelingen van de eigenaren op deze borden te lezen om erachter te komen kopie rolex horloges , de echte kwaliteit van een horloge dat u wilt kopen. luister nooit naar een verkoper door alleen maar willekeurig te zeggen dat zijn product grade 1 of AAA is. hij wil alleen je geld.

    ReplyDelete