Friday, June 27, 2014

Updates to phylomorphospace3d & locate.yeti; new version of phytools

I just posted a new version of phytools. This can be downloaded from the phytools page & installed from source; however I have also submitted this version (phytools 0.4-20) to CRAN, so hopefully it will be accepted by the CRAN gatekeepers and spread out onto all the CRAN mirrors within a few days.

Some important updates in this version relative to the latest minor version include:

1. An update to locate.yeti to permit the use of a set of edge constraints to search for the ML position of the leaf to be added to the tree.

2. An update to phylomorphospace3d so that it now checks internally to see if the package rgl has been installed, and then loads it if available. This permits me to change phytools relationship with rgl from Depends to Suggests, which is designed to allow users to install & load phytools on systems where rgl cannot be installed.

This version of phytools also has a wide range of other new functions & updates relative to the last CRAN version, for instance:

1. A new version of contMap that permits some trait values for tip taxa to be missing from the dataset.

2. A new function, plotTree.wBars, that permits users to plot square or circular phylograms with bars instead of tip labels (e.g., 1, 2, 3).

3. A new function, setMap, to set the color-ramp for an object of class "contMap" or "densityMap"..

4. Some other useful updates to contMap and densityMap.

5. A new version of fancyTree that fixes a small bug for type = "scattergram".

6. The aforementioned new function (locate.yeti) for locating the position of a cryptic or recently extinct taxon on an ultrametric phylogeny using continuous character data.

7. An S3 generic method rep for objects of class "phylo" and "multiPhylo" (here).

8. A new option in phylomorphospace3d to color internal edges.

Finally, 9. New options for node placement in square phylograms plotted with plotSimmap and plotTree.

That's it!

1 comment:

  1. Thanks for sharing, nice post!

    - Là sản phẩm tuyệt vời của sự phát triển công nghệ, vong em be tu dong được thiết kế an toàn, tiện dụng. Những lợi ích mà thiet bi dua vong tu dong cho bé mang lại là vô cùng thiết thực.
    - Với sự phát triển ngày càng tiến bộ của kỹ thuật công nghệ, nhiều sản phẩm thông minh ra đời với mục đích giúp cuộc sống chúng ta trở nên thoải mái và tiện lợi hơn. Và võng đưa em bé ra đời là một trong những sản phẩm tinh túy của công nghệ, máy đưa võng tự động là phương pháp ru con thời hiện đại của các ông bố bà mẹ bận rộn.
    - Hiện nay trên thị trường có nhiều loại máy đưa võng tự động cho em bé, sau nhiều năm kinh doanh và kinh nghiệm đút kết từ phản hồi của quý khách hàng sau khi mua máy, máy đưa võng tự động An Thái Sơn nhận thấy máy đưa võng tự động TS – sản phẩm may dua vong tu dong thiết kế dành riêng cho em bé, có chất lượng rất tốt, hoạt động êm, ổn định sức đưa đều, không giật cục, tuyệt đối an toàn cho trẻ, là lựa chọn hoàn hảo đảm bảo giấc ngủ ngon cho bé yêu của bạn.
    - Với may dua vong tự động, bạn sẽ không còn phải lo lắng quá nhiều về giấc ngủ của bé, những tiếng đồng hồ mệt mỏi ngồi đưa võng cho con cũng sẽ không còn ám ảnh bạn nữa, bạn sẽ có nhiều thời gian để làm được nhiều việc khác. Có thể nói, vong dua em be là quà tuyệt vời cho những ông bố bà mẹ bận rộn.

    Chia sẻ các mẹ bí quyết giúp bé phát triển tốt như: những cách chống nắng hiệu quả cho bé trong những ngày hè, ăn sữa chua đúng cách hay khi nào nên cho trẻ ăn sữa chua, nguyên nhân và cách trị chứng mất ngủ ở trẻ em hay bí quyết giúp bé ngủ ngon giấc giúp bé ngủ ngon hơn, chia sẻ các mẹ nguyên nhân và cách chữa trị bệnh rụng tóc ở trẻ em hay chị em phụ nữa lo lắng có nên uống collagen khi đang cho con bú, chia sẻ về Đông trùng hạ thảo và những cách chế biến đông trùng hạ thảo nguyên con
    Bạn xem thêm bí quyết và chia sẻ kinh nghiệm làm đẹp:

    Những thực phẩm giúp đẹp da tại http://nhungthucphamgiupda.blogspot.com/
    Thực phẩm giúp bạn trẻ đẹp tại http://thucphamgiuptre.blogspot.com/
    Thực phẩm làm tăng tại http://thucphamlamtang.blogspot.com/
    Những thực phẩm giúp làm giảm tại http://thucphamlamgiam.blogspot.com/
    Những thực phẩm tốt cho tại http://thucphamtotcho.blogspot.com/

    Chúc các bé khỏe mạnh, mau ăn chóng lớn!

    ReplyDelete